Флаг МБОУ СОШ №40 г.Белгорода представляет собой прямоугольное полотнище из двух разновеликих горизонтальных полос: верхней - голубого и нижней – белого цвета. В центе полотнища расположен гербшколы.
   Цвета флага обозначают:
Голубой –величие, доблесть, верность, безупречность, доверие, упорство в достижении знаний;
Белый - совершенство, полная свобода для открытий, возможностей и снятие препятствий.